La versione Enterprise ` rivolta principalmente all'utenza professionale: progettata per integrarsi completamente con i dati provenienti da tutte le quattro versioni del programma, permette di importare tramite un apposito pannello di controllo, gli estratti conto telematici in formato CSV (Comma Separated Value).

Check Bank 1.6 Enterprise non ha limiti nel numero di Conti Correnti gestibili conemporaneamente: questo, unitamente agli strumenti di importazione ed esportazione dei database, la gestione di estratti CSV e alle potenzialità  del report di stampa in grado di salvare il lavoro in formati come Excel, Lotus 1-2-3 e PDF, lo rende lo strumento ideale per studi professionali, enti e consulenti.